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离子在电场作用下，通过电解质迁移到阳极上，与燃料气反应，构成回路，产生电流。

同时，由于本身的电化学反应以及电池的内阻，燃料电池还会产生一定的热量。

电池的阴、阳两极除传导电子外，也作为氧化还原反应的催化剂。

当燃料为碳氢化合物时，阳极要求有更高的催化活性。

阴、阳两极通常为多孔结构，以便于反应气体的通入和产物排出。

电解质起传递离子和分离燃料气、氧化气的作用。

为阻挡两种气体混合导致电池内短路，电解质通常为致密结构。

燃料电池其原理是一种电化学装置，其组成与一般电池相同。

其单体电池是由正负两个电极(负极即燃料电极和正极即氧化剂电极)以及电解质组成。

不同的是一般电池的活性物质贮存在电池内部，因此，限制了电池容量。

而燃料电池的正、负极本身不包含活性物质，只是个催化转换元件。

因此燃料电池是名符其实的把化学能转化为电能的能量转换机器。