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出兵不到两个月，日军便占领了勒拿河以东的全部苏俄领土，所占领之领土面积过日本本土十倍有余，尽管都是苦寒之地，但总面积还在日本的南洋新殖民地--东印度群岛之上，达到了预期的作战目的。 受限于后勤的压力跟美国以及国内的反对之声越来越大后便转入守备阶段。
日军由第十二师驻守鄂霍次克，负责建设这座海港的同时接收海军运来的物资；第三师驻守勒拿河下游分支河流阿尔丹河沿岸小镇恰格达跟阿尔丹，名义上是为了通过这里密集的河道接收自西伯利亚铁路运送北上的物资，实际上他们距离中国单方面划定的新中俄边界只有22o公里，随时可以南下威胁中国边界安全；第七师驻守楚克奇半岛跟堪察加半岛，警惕苏俄海军跟美国的威胁，并肩负着随时封锁白令海峡的重任。
因为天气越来越冷，于西伯利亚地区的军事行动越来越困难。加上自民国国内传来不好消息，那位年轻大总统在拖延向日本移交庚子赔款大半年后，终于露出了其意图，向国会刚刚通过了一道法案，就是为了永久终止向其他各国支付庚子赔款。这时，日军认为出兵西伯利亚的战事基本结束，所以向日本内地跟朝鲜等地区运回大部分山炮、重炮，但是预备役和后备役的召集依旧未停止，日本军队仍维持战事编制。
寺内正毅的计划破产了，尽管出兵占领数百万平方公里的西伯利亚沃野表面上看来壮大了日本的实力。然而，短短三个多月的时间，日本便因此背负了过七千万日元的直接军费支出。
因为日本在东西伯利亚扶植谢苗诺夫组织傀儡政权，企图完全控制此地区的战略，与英法美等扶持沙皇重新领导俄国的计划产生了摩擦，英法两国趁机停止了对日本出兵的一些物资跟军火援助。
谢苗诺夫是俄国原外贝加尔省人，1911年，谢苗诺夫毕业于奥伦堡军事学校。他参加了第一次世界大战，成为一名军官。因为对中国对外贝加尔地区占领的不满，1917年7月，谢苗诺夫被临时政府任命为临时政府在贝加尔湖地区的代表，负责招募哥萨克，以筹备反攻占领了外贝加尔地区的中国。只可惜没多久之后，布尔什维克党人组织的九月革命爆了，俄国临时政府被推翻了。
九月革命以后，谢苗诺夫动反对苏俄的叛乱，战败后化妆成难民逃往中国。因其上了调查局的黑名单，在其潜伏到蒙古时遭到军警的追捕，靠着当地仍在抵抗中国对‘俄罗斯帝国领土’占领的斯拉夫民族沙文主义抵抗分子的资助，他经东北走西伯利亚大铁路逃往朝鲜。
1918年2月，他得到了日本人的扶持，得以从东北逃往朝鲜避难的俄罗斯人中挑选两千人组建成了义勇军4个营，初时只是日本人为对抗中国，并希望某一日反攻东北的工具。为此，得到日本人支持的谢苗诺夫在平壤成立了“外贝加尔地方临时政府”。
同年5月，他得到日本人跟美国人的帮助，得以接管了海参崴城中的俄国原驻军，势力一下子保证到拥有两万多军队支持。在日本拯救了沙皇一家之后，谢苗诺夫在日本人的安排下前往东京见到了沙皇，作为日本跟俄国临时政府以及沙皇尼古拉二世的交易一项，他被沙皇任命为‘东西伯利亚总督’，而俄国临时政府也默许了他在东西伯利亚地区的地位。
日本出兵西伯利亚之后，依仗着七万大军的强大，很快攻城掠地占去了大片领土。考虑到俄国跟荷兰不一样，而且他们占领的东西伯利亚地区还是人家的领土，并非殖民地。日本为了加强对占领区的统治，甚至达到永久占领东西伯利亚的目的，于是召集谢苗诺夫一同北上，并将他那已经改名的“俄国西伯利亚临时政府”，也迁到了西伯利亚地区。
因为日本占领军在当地烧杀掠夺，肆意奸、淫妇女等等，引起了俄国两百多万东西伯利亚居民的不满，民风彪悍的俄国人自性的响应苏俄的号召，偷袭跟抵抗日本人的入侵。
谢苗诺夫在日本人的支持下用无情的统治，巩固了在东西伯利亚的地位。仅来到西伯利亚一个多月的时间，他就被仇恨他的同胞们描绘成“草原强盗，拦截商旅抢、劫财物，不论是谁的货物”。由于谢苗诺夫坚决紧抱日本人的粗大腿，令日本政府跟军方十分满意，于是再次向临时政府施压，要求临时政府批准他成立西伯利亚反抗军，以抵挡苏俄对西伯利亚地区的‘赤化’。
最初，临时政府拒绝在承认沙皇任命他为东西伯利亚总督之后还要给予他组建军队的权力，但后来他们被迫接受这一事实，任命谢苗诺夫兼任西伯利亚军区总司令。
然而尽管日本将其所占领的东西伯利亚广阔的数百万平方公里的土地，明面上是交给他来打理的。但是协约国各国都清楚，谢苗诺夫只是日本人喂养的一只狗，或者说是放出来吸引注意力罢了，真正主宰东西伯利亚的还是日本人。
因为日本人在东西伯利亚地区的肆意扩张，美国也同样断绝对日本进行武装跟有限援助的计划。日本出兵占领了堪察加半岛跟楚克奇半岛，明目张胆的妄图控制白令海峡的举动已经威胁到美国阿拉斯加州的安全。因此美国国内政策迅转向，威尔逊总统向日本政府严肃出警告，日本不得在楚克奇半岛驻兵，更不得让海军越过阿留申群岛，出没于白令海。同时，美国立刻下令终止向日本提供低价谷物，进一步的加重了日本国内的物价飞涨。